Virtuaali-instituutit ovat täysin uusi tapa lähestyä ja ratkaista haasteita: ne ovat koko allianssin yhteisiä, fyysisistä seinistä vapaita instituutteja, joissa toimii kansainvälisiä monitieteisiä ryhmiä, joissa on mukana niin opiskelijoita, opettajia, tutkijoita kuin kehittäjiä EC2U-allianssin seitsemästä yliopistosta. Konseptin tavoitteena on edistää tutkimustulosten ja/tai innovaatioiden nopeaa liittämistä osaksi koulutusta käyttäen hyväksi uusia haastepohjaisia opetussuunnitelmia sekä erilaisia lyhytaikaisia koulutuksia kuten harjoittelujaksoja, kesä-/talvikouluja, työpajoja ja vastaavia toimintoja. Nämä osaamista luovat tiimit tuottavat innovatiivisia ratkaisuja paikallisiin, kansallisiin, eurooppalaisiin ja maailmanlaajuisiin haasteisiin. EC2U:n ensimmäisen toimintavaiheen teemoiksi on valittu YK:n kestävän kehityksen tavoitteet good health and well-being, quality education & sustainable cities and communities (eli hyvä terveys ja hyvinvointi, laadukas koulutus & kestävät kaupungit ja yhteisöt)